針對有視頻類自媒體在網絡上稱“水滴籌收取18%的手續費，利用愛心做生意以及水滴公司籌款資金進入公司資金池”等言論，11月17日水滴公司創始人兼CEO沈鵬對媒體辟謠稱，水滴籌自成立以來，愛心人士在水滴籌支持患者的每一筆愛心資金，都直接進入平安銀行的水滴籌專管賬戶中，專門管理、專門使用，不受平臺運營狀況影響，最大程度確保籌款資金安全透明。

根據財報，今年二季度水滴公司營收為9.29億元，凈虧損6.56億元，其中旗下針對大病的水滴籌業務對于營收的貢獻幾乎為零。水滴公司解釋稱，水滴籌在大病籌措過程中，部分籌款項目使用的是第三方平臺，這就產生了渠道費，也就產生了總金額0.6%的所謂抽成。

水滴籌也公布了籌款資金專管賬戶的最新利息情況：2021年第二季度，資金專管賬戶產生利息73.4萬元，自2020年1月至2021年6月底，資金專管賬戶累計產生利息701.9萬元（2020年1月前產生的利息已全數用于補貼籌款用戶提現時的第三方渠道支付手續費用）。水滴籌還宣布，將捐贈100萬元利息款至中華思源工程扶貧基金會。