7月13日晚間，針對“代理村鎮銀行清算業務”一事，南京銀行在官網發布《商業銀行代理村鎮銀行資金清算業務說明》，表示南京銀行“只作為資金清算通道，不承擔資金風險”。

南京銀行稱，村鎮銀行的資金清算都是通過有清算資格的商業銀行代理的。商業銀行代理村鎮銀行清算是根據相關規定依法合規開展，是一項常規的代理業務。在代理清算過程中，作為代理清算行的商業銀行，負責清算指令的接收和按指令收付資金工作，只與被代理行和人民銀行發生清算關系。

南京銀行進一步舉例表示，比如，匯款人要將其在A銀行的資金轉給村鎮銀行，A銀行受理后，將該筆資金轉入A銀行在人民銀行開立的備付金賬戶，人民銀行根據A銀行的清算指令，將該筆資金轉入村鎮銀行的代理清算行在人民銀行開立的備付金賬戶，并通知代理清算行，代理清算行根據該指令，將該筆資金轉給村鎮銀行。在資金轉給村鎮銀行后，代理清算行的工作完成。

此外，據新華網報道，中國人民銀行南京分行營業管理部相關負責人表示，根據人民銀行大額和小額支付系統業務處理辦法等規定，對不能直接加入支付系統的中小銀行機構，比如農村商行、村鎮銀行和外資銀行等，中國人民銀行批準其通過有資質的銀行機構作為直接參與者（比如，南京銀行）代理辦理資金清算業務。

南京銀行代理村鎮銀行資金清算業務是按照人民銀行支付系統的相關規定辦理的，有關資金清算服務合法合規，支付清算便捷、安全，運行穩定，與有關村鎮銀行案件沒有任何關聯。